Glaubenskämpfe oder
Ein verhängnisvoller Sturz aus dem Fenster

Über 60 Jahre herrschte Friede in Deutschland, seitdem Lutheraner und Katholiken diesen endlich geschlossen hatten (Augsburger Religionsfrieden, 1555). Versteckt ging der Kampf allerdings unter den beiden Bekenntnissen weiter. Jesuiten gründeten Schulen, in denen sie Juden, aber auch Söhne des Adels gemeinsam unterrichteten und erzogen. Auch bildeten sie Priester unter ihren Zöglingen aus, von denen sie annahmen, dass sie dazu geistlich berufen waren. Die Kirche gewann beim Volke wieder an Ansehen. Weite Gebiete in Süd- und Westdeutschland wurden wieder katholisch. Ebenso wurden viele Fürstenkinder von Jesuiten unterrichtet und zu Katholiken erzogen.

In der Folge kam so manches Fürstenoberhaupt, das während der Reformation konvertiert war, wieder zur katholischen Kirche zurück. Den Protestanten gelang es im Gegenzug, in den meisten Bistümern Norddeutschlands evangelische Fürsten zu Bischöfen wählen zu lassen, um so deren Land und Volk für die Reformation zu gewinnen. Die habsburgischen Kaiser glaubten allerdings noch immer Gesamtdeutschland wieder zum katholischen Glauben zurückführen zu können. Diesen unterstützten auch die ständischen Fürsten.

Allerdings wollten sie ihre in der Reformation errungenen Freiheiten und Selbstständigkeiten behalten und nicht wieder vollständig unter die habsburgische Kaisermacht fallen. Am 14. Mai 1608 schlossen sich die Protestanten zu der sogenannten "Union" zusammen, weil sie die Gefahr einer Rekatholisierung sahen. Zum Führer der Union wurde der calvinistische Kurfürst Friedrich V. von der Pfalz ernannt. Darauf gründeten die katholischen Fürsten einen eigenen Bund, die "Liga", unter der Führung des bayrischen Herzogs Maximilian I.

Ein sogenannter Majestätsbrief König Rudolfs II. gewährte den Protestanten das Recht, auf seinen Gütern ihre Kirchen zu bauen und ihre Religion frei auszuüben. Daraufhin begannen sie auch auf katholischen Klostergütern Gotteshäuser zu errichten.
 
Den Katholiken war dies allerdings zuwider, denn sie sahen darin einen Verstoß gegen den Majestätsbrief. Eine Kirche in Braunau wurde 1611 von den Katholiken niedergerissen, eine andere 1614 in Klostergrab geschlossen.

Die Evangelisten beschwerten sich daraufhin, während eines Protestantentages 1618 in Prag, beim Kaiser, wurden aber abgewiesen. Die Empörung bei den Protestanten war darüber so groß, dass sie am 23. Mai 1618 die beiden kaiserlichen Statthalter Martinitz und Slawata aus dem Fenster des Hradschin warfen ("Prager Fenstersturz"). Dieser Fenstersturz war der Anfang des böhmischen Aufstandes und somit der Auslöser für eine 30 Jahre andauernde Folge von Kriegen.